En París inició, con Adagios (1500), un éxito editorial que prosiguió en 1506 con sus traducciones latinas (Luciano y Eurípides) y que culminó en Basilea (1515-1517 y 1521-1529) con sus versiones de Plutarco, sus ediciones de Séneca y de san Jerónimo y su gran edición del Nuevo Testamento (1516: con texto griego anotado y su traducción latina, muy distinta de la Vulgata), que le dio renombre europeo.
Si sus primeros diálogos Antibárbaros (1494) veían compatibles devoción y cultura clásica, en elEnquiridión (1504) defendía una audaz reforma religiosa. Fruto de las lecciones que diera para vivir, sus manuales de conversación latina (1497) son el origen de los Coloquios familiares (1518), de gran difusión y resonancia. Fue la crítica de L. Valla a la versión de la Vulgata lo que le decidió a dedicarse, algo tardíamente, a las letras sagradas para reconciliar cultura clásica y teología (se doctoró en esta ciencia en Turín en 1508).
En sus viajes, visitó también Padua, Siena, Roma (1509) y diversas ciudades de Alemania (1514), en cuyos círculos humanísticos fue acogido de forma triunfal. León X le dispensó de tener que vestir el hábito para que viviese en el mundo y fue nombrado consejero del emperador (a quien dedicó laInstitución del príncipe cristiano, 1516).
Aunque inicialmente no le prestó gran atención, el crecimiento del problema luterano le hizo cada vez más difícil su insistente pretensión de neutralidad: si en 1517 se había ido a Lovaina, en 1521 hubo de salir de la ciudad y volver a Basilea, por lo insostenible de su situación (aun distanciándose claramente de Lutero, insistía en ser no beligerante) y para guardar su independencia. Pero en 1524 lanzó su Disquisición sobre el libre albedrío, con una violenta respuesta de Lutero (Sobre el albedrío esclavo, 1526) y con su correspondiente réplica (Hyperaspistes, 1526). Y, pese a su neutralidad en la pugna de Enrique VIII con el papa, su Ciceroniano (1527) refleja ya el desengaño de quien ve sus ideales contrariados por los hechos.
Implantada la Reforma en Basilea (1529), dejó la ciudad por la misma razón que dejara Lovaina y se retiró a Friburgo de Brisgovia. Sobre la buena concordia de la Iglesia (1534) es una obra en la que no parece poner sus ilusiones, y no hizo comentarios sobre la ejecución en Inglaterra de Fisher y de Moro (1535). El mismo año recomendó a Paulo III un tono conciliador en el futuro concilio y, desde Basilea (adonde había vuelto y de donde sus achaques no le dejarían salir), le rechazó el cardenalato; de poco antes de morir es su Sobre la pureza de la Iglesia cristiana (1536).
Para unos hereje (que preparó el terreno a la Reforma), para otros racionalista solapado u hombre de letras ajeno a la religiosidad (un Voltaire humanista) y para otros gran moralista y lúcido renovador cristiano, Erasmo quiso unir humanismo clásico y dimensión espiritual, equilibrio pacificador y fidelidad a la Iglesia; condenó toda guerra, reclamó el conocimiento directo de la Escritura, exaltó al laicado y rehusó la pretensión del clero y de las órdenes religiosas de ostentar el monopolio de la virtud.